El 3 de mayo de 1118 el arzobispo de Toledo Bernardo de Seridac conquistó la plaza de Alcalá en nombre del reino de Castilla (por entonces en una situación conflictiva entre Urraca I reina titular de León y Castilla, su segundo marido Alfonso I el batallador, rey de Aragón y el hijo primogénito del primer matrimonio de la reina Alfonso Raimúndez, el futuro Alfonso VII). En 1129, Alfonso VII, ya rey, otorgó Alcalá y su Tierra (constituidos como concejo y alzo) al Arzobispado de Toledo en condición de señorío eclesiástico (siendo su primer titular Raimundo de Sauvetat). Los arzobispos fueron concediendo privilegios a la ciudad, entre ellos el Fuero Viejo (Rodrigo Jiménez de Rada, 1235) y la celebración de ferias (desde 1184). El asentamiento principal volvió a ser el de la zona baja, en el Campus Laudabilis, denominación que fue dejando de utilizarse, sustituida por las formas , Burgo de Santiuste, Alcalá de Santiuste, Alcalá de San Justo o Alcalá de Henares (esta última aparece en el siglo XIV). La población se fue incrementando a medida que el burgo se convertía en un emergente centro de transacciones y mercado comarcal, ya alejada la inseguridad fronteriza (la última aceita musulmana fue en 1197). No obstante, la construcción de las murallas, iniciada en el siglo XIII, delimitó el núcleo urbano y seguía teniendo una importante función defensiva en las recurrentes guerras civiles.